洋蔥路由專案計畫，依據美國501(c)(3)於西元2006年創立的非營利事業機構，然而「洋蔥路由」的原始構想則是起源於1990年代中期。

就像洋蔥路由使用者一樣，使洋蔥路由計畫成真的眾多開發人員、研究人員和創始人也都是一群來自各個不同領域的人，而所有參與洋蔥路由計畫的人們都是因爲一個共同的信念而團結在一起：人們有權在不受審查過濾的網路世界中遨遊。

在1990年代，網際網路之安全性相當匱乏，且追蹤與監視的活動日益活躍，在1995年時，美國海軍研究實驗室(NRL)的David Goldschlag、Mike Reed與Paul Syverson開始思考，是否有一種建立網路連接的方法，讓在連線兩端的人對話同時，正在網路上監聽的第三者也無從得知對話者的真實身份。 他們的答案，就是著手設計並佈署第一個洋蔥路由的原型。

洋蔥路由的目標，就是要發展出一種可以盡可能保有最多隱私的方式來使用網路，其核心概念是讓網路連線資料通過數台伺服器進行交換轉送，並在這個過程中的每個步驟執行加密。 直至今日，這依然是對洋蔥路的運作原理最簡單的解釋。

在2000年代初期，麻省理工學院(MIT) 的應屆畢業生Roger Dingledine開始與Paul Syverson一起進行美國海軍研究實驗室的洋蔥路由專案。 為了區分美國海軍研究實驗室的這項原創工作計畫與其他地區出現的洋蔥路由專案，Roger將他命名為「Tor」專案，即是「The Onion Routing」的縮寫。 Roger的同學Nick Mathewson不久後也加入了這個專案團隊。

早從1990年代的概念構思階段開始，洋蔥路由的想法就是利用一個去中心化的網路來轉送連線資料，這個網路的組成必須是非常多元，由無數個完全獨立且擁有不同利益與信任關係的組織團體所聯合維運，並且該軟體也必須要開源且自由，才能夠將去中心化與透明化精神做最大程度的發揮。 因此，洋蔥路由網路在2002年十月開始初步佈署時，其原始程式碼就是以自由及開放原始碼軟體授權發布。 到了2003年底，這個網路已經擁有數十個由志願者所架設維運的節點，其中大多數在美國，另外還有一個在德國。

由於發現了洋蔥路由技術在數位人權運動中所具備的重要性，從2004年開始電子前哨基金會(EFF)也開始贊助Roger與Nick所主導的洋蔥路由專案計畫。到了2006年時，洋蔥路由專案計畫正式依據美國501(c)(3)創立登記為非營利組織，以持續開發維護洋蔥路由技術。

在2007年，該組織開始開發洋蔥路由的橋接中繼站來解決網路審查過濾所造成的問題，例如需要繞過政府的防火牆封鎖，以使其用戶得以存取網際網路。

洋蔥路由開始在社運活動者和精通技術且對隱私感興趣的的用戶中默默地流行起來，但是當時對於非技術背景的人們來說仍然難以使用，因此從2005年開始，開始開發洋蔥路由代理伺服器之外的工具。 洋蔥路由瀏覽器的開發始於2008

拜洋蔥路由瀏覽器之賜，讓全世界各地的人每天都可輕易存取使用洋蔥路由網路，它也在2010年末的阿拉伯之春運動中成為了相當關鍵的重要工具。洋蔥路由不只是保護了網路使用者的真實身份免於洩漏，更讓他們可以輕易存取那些被政府封鎖禁用的關鍵網路服務，像是社交媒體或網站等。

自從2013年史諾登菱鏡門事件爆發後，能夠抵抗全面性網路監控審查制度的防禦工具立即成為社會大眾所關心的主流議題。 洋蔥路由不僅對史諾登的揭秘有幫助，同時文件的內容也支持了當時洋蔥路由不能被破解的保證。

人們對追蹤，監視和審查制度的意識也許已經增強，但同時妨礙網路自由的情況，也普遍增加。 如今，洋蔥路由網路擁有由志工所架設維運的數千個中繼站以及全球數百萬的用戶，正是這樣的多樣性確保了洋蔥路由使用者的安全。

為了洋蔥路由專案，我們每天都在為了讓所有人都能隱密的訪問不受審查過濾的網路而奮鬥，而洋蔥路由目前已成為世界上最強大的線上隱私和自由之捍衛工具。

但是洋蔥路由不僅僅是軟體工具，它也是一份充滿愛心的工作，由致力於人權的一個國際社群的人們所共同打造。洋蔥路由專案深深致力於 落實透明化精神與使用者安全。